En el marco de la justicia transicional en Colombia se han desarrollado grandes avances en materia jurisprudencial y legal, respecto al tratamiento de casos ocurridos en el contexto del conflicto armado para el enjuiciamiento de hechos de graves violaciones de derechos humanos y al Derecho Internacional Humanitario. Uno de estos avances lo constituye la aplicación del enfoque diferencial en la judicialización de conductas atentatorias de la integridad física y cultural de pueblos indígenas. El presente texto reúne recomendaciones resultado de investigaciones sobre el proceso penal especial de Justicia y Paz, con observaciones frente a la criminalidad contra pueblos indígenas en el marco del conflicto armado, sus afectaciones y elementos de reparación colectiva e individual debida a los integrantes de dichos pueblos, en consonancia con estándares internacionales para la aplicación del mencionado enfoque en procesos que se adelantan al país.